上の水が綺麗などと言うのは幻想です、雨水なら同じ事です。綺麗な水と言うなら砂などで濾過するか薬品の投入ですね。吸い込み口は底から少し上がったところから吸い上げます、底にはドロが沈みますので時々掃除は必要です。ポンプ利用の雨水利用なら殆ど経済的なメリットは有りません、出来ればトイレなどのタンクより上に雨水タンクを作ってポンプは使わないのが良いと思います。